Göteborgs universitet möter samhällets utmaningar med mångsidig kunskap. 49 000 studenter och 6 400 medarbetare gör universitetet till en stor och inspirerande arbetsplats. Stark forskning och attraktiva utbildningar lockar forskare och studenter från hela världen. Med ny kunskap och nya perspektiv bidrar Göteborgs universitet till en bättre framtid.

PEST-BIN är ett Marie Skłodowska-Curie Innovation Training Network (ITN), finansierat av Europeiska Kommissionen, Horizon 2020-programmet. Konsortiet kommer att starta sin verksamhet i januari 2021 och kommer att utbilda 15 doktorander (Early Stage Researchers, ESRs).

Titel på projektet: Upptäckt av biomarkörer för sjukdomsframkallande bakterier

Arbetsuppgifter

Utbildning i medicinsk vetenskap består i att genomföra ett vetenskapligt projekt och att delta i kurser på forskarnivå om minst 30 högskolepoäng. Utbildningen avslutas med att doktoranden skriver en vetenskaplig sammanläggningsavhandling eller en monografi motsvarande minst 120 högskolepoäng. För mer information om utbildning på forskarnivå vid Sahlgrenska akademin se https://www.gu.se/sahlgrenska-akademin/var-forskarutbildning

Beskrivning av projektet
Utveckling av tillförlitliga, snabba, hållbara och kostnadseffektiva analytiska tekniker för omfattande diagnostik och karakterisering av sjukdomsframkallande bakterier är viktigt för att förhindra ökad dödlighet och minska kostnaderna för antibiotikaresistenta infektioner. Nästa generations DNA-sekvensering och masspektrometri (MS)-baserad proteomik används för närvarande för detta ändamål, men dessa metoder har allvarliga begränsningar när det gäller analysens hastighet och / eller kostnad. Masspektrometri och proteomik används för enkel och snabb upptäckt av diagnostiska biomarkörer och trots att metodiken ständigt utvecklas är det osannolikt att den uppfyller de kliniska kraven på medellång sikt. Dessa krav inbegriper snabba analyssvar, hög kapacitet vad gäller antal prov analyserade per tidsenhet, hög noggrannhet och i slutändan framför allt låg kostnad och enkel användning för det kliniska laboratoriet. PEST-BIN-konsortiet föreslår att man utnyttjar grafens extrema känslighet genom att designa specifika receptorer för biomarkörer för bakteriell infektion upptäckta av MS-proteotypningsanalyser. Detta kommer att göra det möjligt för oss att producera biosensorer för infektionssjukdomar som uppvisar oöverträffad känslighet, specificitet och snabb detektering i kombination med enkla användningssätt och kvantitativa analysresultat.

Specifik ämnesbeskrivning
Doktoranden kommer att arbeta vid Göteborgs Universitet (UGOT), institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar (Moore / Karlsson-gruppen) och i nära samarbete med doktorander vid INRA (Bierne-gruppen) och DTU (Mijakovic-gruppen). Dessa tre doktorander kommer alla att samarbeta och fokusera på att identifiera ytbiomarkörer för olika patogener. Patogener (bakterier isolerade från kliniska prover) kommer att listas och prioriteras av professor Moore och docent Roger Karlsson (UGOT) i samarbete med läkare vid Sahlgrenska sjukhuset, avdelningen för klinisk mikrobiologi. Den valda metoden för att studera ytan av patogener kommer att baseras på den lipidbaserade Protein Immobilisering (LPI) -metoden (utvecklad av Nanoxis Consulting AB), som framgångsrikt har använts för att utföra ytrakning av intakta bakterier. Efter bioinformatisk validering kommer de art-unika peptidbiomarkörerna att användas för att funktionalisera grafensensorerna.

Beskrivning av arbetsuppgifter
Allmän mikrobiologisk odling och hantering av patogen - Riskgrupp 2 - bakteriearter. Molekylärbiologisk erfarenhet av att designa och genomföra experiment för tillvägagångssätt inom genomik och proteomik, inklusive optimering av DNA-extraktioner och uppreningar av DNA, tillämpliga för olika NGS DNA-sekvenseringsplattformar, och optimering av yt- och helcellsproteinanalyser, tillämpliga för peptidbaserade "Proteotypings" -analyser av bakteriestammar. Genomsekvensbestämningar av bakterier, med användning av Illumina DNA-sekvensering och även Oxford Nanopore Minion DNA-sekvenseringsapplikationer. Genomsekvensdatainsamling och jämförande analyser. Proteotypningsanalyser av masspektrometri-baserad peptidsekvensering och identifiering genom matchning till helgenomsekvensdata. Genom- och proteomdataanalyser av peptid- och proteinbiomarkörer för antimikrobiell resistens och virulens genom omfattande databassökning. Utarbetande av manuskript för publicering i peer-review-tidskrifter och presentationer vid internationella workshops och konferenser.

Sökande bör behärska det engelska språket i tal och skrift på en nivå som är tillräckligt hög för att de ska få full nytta av nätverksutbildningen.

Utbildning på forskarnivå omfattar fyra års heltidsstudier och leder fram till en doktorsexamen. Den som är anställd som doktorand ska främst ägna sig åt sin forskarutbildning. En doktorand får dock i begränsad omfattning arbeta med utbildning, forskning och administration (så kallad institutionstjänstgöring). Sådant arbete får, innan doktorsexamen avlagts, inte omfatta mer än 20 procent av full arbetstid.

Behörighet

För tillträde till utbildning på forskarnivå krävs grundläggande och i förekommande fall särskild behörighet. Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som:

1. avlagt examen på avancerad nivå, eller
2. fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. på annat sätt inom eller utom landet förvärvat motsvarande kunskaper. 

Särskild behörighet till utbildning på forskarnivå i medicinsk vetenskap har den som med godkänt resultat fullgjort kurs engelska B/6 eller har bedömts ha förvärvat motsvarande kunskaper genom tidigare studier.

Bedömningsgrund

Urval bland sökande som uppfyller krav på grundläggande och särskild behörighet baseras på förmågan att tillgodogöra sig utbildningen på forskarnivå. Vid bedömningen fästs särskild vikt vid dokumenterade kvalifikationer avseende:
- specifika kunskaper och färdigheter inom ämnesområdet och närliggande forskningsområden
- erfarenhet av vetenskaplig teori och relevanta forskningsmetoder
- vetenskaplig analys och presentation styrkt genom uppsats, examensarbete, vetenskapliga publikationer eller liknande. 

Anställning

Efter antagning till utbildning på forskarnivå kommer du att bli anställd som doktorand. Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1993:100. Den första anställningen som doktorand får gälla högst ett år. Anställningen får förnyas med högst två år i taget. En person får vara anställd som doktorand under sammanlagt högst åtta år. Den sammanlagda anställningstiden får dock inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år.

Placering: Sahlgrenska akademin, institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar. Omfattning 100%. Tillträde enligt överenskommelse. MSCA doktorandanställning inom ett Marie Sklodowska Curie program med MSCA finansierig (PEST-BIN).

Universitetet tillämpar lokalt avtal om lönesättning av doktorander. 

Övrigt

För att bli beviljad MSCA finansiering ska sökande, vid ansökningstillfället, ej ha vistats i Sverige för studier eller arbete längre än 12 månader under de senaste 3 åren. Den sökande måste också vara inom 4 år efter sin mastersexamen (motsvarande heltid forskningserfarenhet) och inte heller disputerat inom något annat område.

Kontaktuppgifter för anställningen

Har du frågor om projektet är du välkommen att kontakta:

Roger Karlsson, docent, Göteborgs universitet; överkemist klinisk mikrobiologi, Sahlgrenska universitetssjukhuset,
e-post: roger.karlsson@vgregion.se

Nahid Kondori, docent, Göteborgs universitet; enhetschef klinisk mikrobiologi, Sahlgrenska universitetssjukhuset,
e-post: nahid.kondori@vgregion.se

Fackliga organisationer

Fackliga företrädare vid Göteborgs universitet hittar du här:
https://www.gu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss/hjalp-for-sokande

Ansökan

Du ansöker om att bli antagen till forskarstudier via Göteborgs universitets rekryteringsportal. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Komplett ansökan innehåller i pdf format:

  • Personligt brev
  • CV
  • Bevis om examen på avancerad nivå eller fullgjorda kurser, se behörighetskrav ovan
  • Bevis om slutförd kurs i Engelska 6 eller motsvarande (gymnasiebetyg eller motsvarande)

För sökande med utländsk examen

Om examen är från lärosäte utanför Sverige eller inte har kontrollerats av en svensk myndighet tidigare är det viktigt att du bifogar diplom och ämnesförteckningar som underlättar bedömning.

Ange i din ansökan en kontakt (telefonnummer eller e-post) till utfärdande lärosäte som kan verifiera examen.

För information om hur det särskilda behörighetskravet i engelska kan uppfyllas, se https://www.universityadmissions.se/en/entry-requirements/english-language-requirements/

Ansökan ska vara inkommen senast: 2021-02-22

 

Universitetet arbetar aktivt för en arbetsmiljö med jämställda förhållanden och sätter värde på de kvalitéer mångfald tillför verksamheten.

Enligt Riksarkivets föreskrifter är universitetet skyldigt att förvara ansökningshandlingar i två år efter tillsättningsbeslutet. Om du som sökande till en anställning särskilt begär tillbaka dina handlingar återsänds de när de två åren har förflutit, i annat fall kommer de att gallras ut.

 

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Göteborgs universitet anlitar upphandlad annonsbyrå i samband med rekrytering av personal. Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av jobbannonser.

Kontaktpersoner