Doktorandplats i medicinsk vetenskap - datadriven livsvetenskap (DDLS)

Göteborgs universitet möter samhällets utmaningar med mångsidig kunskap. 56 000 studenter och 6 600 medarbetare gör universitetet till en stor och inspirerande arbetsplats. Stark forskning och attraktiva utbildningar lockar forskare och studenter från hela världen. Med ny kunskap och nya perspektiv bidrar Göteborgs universitet till en bättre framtid.

Doktorandplats i medicinsk vetenskap

Till Göteborgs universitet, Sahlgrenska akademin, Institutionen för biomedicin, Avdelningen för laboratoriemedicin, söker vi en doktorand inom DDLS-området Datadriven precisionsmedicin och diagnostik

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap  (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,1 miljarder SEK i finansiering (ca 290 MUSD) under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2024 kommer DDLS forskarskola att lanseras via rekryteringen av 20 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/ 

Området Datadriven precisionsmedicin och diagnostik omfattar dataintegration, analys, visualisering och datatolkning för patientstratifiering, upptäckt av biomarkörer för sjukdomsrisker, diagnos, läkemedelsrespons och övervakning av hälsa. Forskning inom precisionsmedicin förväntas använda befintliga starka tillgångar i Sverige och utomlands, såsom molekylära data (t.ex. omics), avbildningstekniker, elektroniska hälso- och sjukvårdsdata, longitudinella patient- och befolkningsregister och biobanker.

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss? Ansök nu!

Universitetsgemensam information om vad det innebär att vara doktorand vid Göteborgs universitet kan du finna på universitetets doktorandsidor Utbildning till att bli forskare | Göteborgs universitet (gu.se)    

Arbetsuppgifter   

Utbildning i medicinsk vetenskap består i att genomföra ett vetenskapligt projekt och att delta i kurser på forskarnivå om minst 30 högskolepoäng. Utbildningen avslutas med att doktoranden skriver en vetenskaplig sammanläggningsavhandling eller en monografi motsvarande minst 120 högskolepoäng. För mer information om utbildning på forskarnivå vid Sahlgrenska akademin se https://www.gu.se/sahlgrenska-akademin/var-forskarutbildning

Titel på projektet: Mot precisionsmedicin för ischemisk stroke: Integrering av klinisk, molekylär omik och neuroimaging data med hjälp av maskininlärning 

Projekt: Stroke är en av de vanligaste orsakerna till död och funktionsnedsättning hos vuxna. Stroke är heterogen både vad gäller etiologi och utfall. Många strokeöverlevare drabbas av en ny (rekurrent) stroke som har högre dödlighet och större risk för funktionsnedsättning jämfört med förstagångsstroke. Således finns det stort behov av förbättrad sekundärprevention. I dagsläget är dock många av de molekylära mekanismerna bakom rekurrent stroke och bestående funktionsnedsättning fortfarande okända. Det övergripande syftet med detta doktorandprojekt inom datadriven livsvetenskap (DDLS) är att använda artificiell intelligens (AI) metoder, särskilt djup och maskininlärning (ML), för att förbättra mekanistisk förståelse och prediktion av utfall efter ischemisk stroke. På sikt kommer detta projekt att bidra till utvecklingen av precisionsmedicin för stroke. 

Det finns två huvudsakliga delprojekt. Det första baseras på integrering av molekylär omik (protein och RNA) data. Doktoranden kommer här att söka blodbaserade biomarkörer som är associerade med rekurrent stroke (syfte 1) och funktionellt och neurologiskt utfall (syfte 2) med hjälp av ML-metoder. De mest lovande molekylära biomarkörerna kommer därefter att testas för prediktiv prestanda. Det andra delprojektet kommer innefatta analys av bildundersökningar. Doktoranden kommer att implementera en AI-baserad ”pipeline” för att extrahera olika mätvärden från magnetkameraundersökningar av hjärnan. Detta kommer att innefatta ett forskningsbesök till Resilient Brain Lab vid Massachusetts General Hospital, Boston, USA. Den prediktiva prestandan hos de radiomiska biomarkörerna kommer att testas enskilt och i kombination med de molekylära biomarkörerna (syfte 3). 

Handledningsteamet består av fyra forskare med kompletterande kompetens inom områden såsom klinisk strokeforskning, genetik, molekylärbiologi, bioinformatik och AI. Vi har breda nationella och internationella samarbeten vilket säkerställer att doktoranden snabbt kommer i kontakt med ett brett nätverk av forskare och kommer att befinna sig i en stimulerande och interaktiv miljö.

Eftersom vi verkar i en internationell miljö är det en förutsättning att doktoranden har utmärkt kommunikationsförmåga skriftligt och verbalt på engelska. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet, god organisationsförmåga, förmåga att arbeta självständigt inom överenskomna ramar och förmåga att arbeta i ett team, liksom att ha en vilja att lära sig nya metoder och färdigheter. 

För mer info var god se: https://www.gu.se/en/research/christina-jern

Utbildning på forskarnivå omfattar fyra års heltidsstudier och leder fram till en doktorsexamen.  Inom ramen för din doktorandanställning kan du ha institutionstjänstgöring i en omfattning av max 20 % av heltid fördelat under hela utbildningstiden. Institutionstjänstgöring omfattar vanligtvis undervisning på grundnivå och avancerad nivå, men även forskning och administration kan ingå.     

Behörighet   

För tillträde till utbildning på forskarnivå krävs grundläggande behörighet och den särskilda behörighet som är fastställd i den allmänna studieplanen för ämnet.  

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som:
1. avlagt examen på avancerad nivå, eller
2. fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. på annat sätt inom eller utom landet förvärvat motsvarande kunskaper. 

Särskild behörighet till utbildning på forskarnivå i medicinsk vetenskap har den som med godkänt resultat fullgjort kurs engelska B/6 eller har bedömts ha förvärvat motsvarande kunskaper genom tidigare studier.   

Bedömningsgrund   

Urval bland sökande som uppfyller krav på grundläggande och särskild behörighet baseras på förmågan att tillgodogöra sig utbildningen på forskarnivå. Vid bedömningen fästs särskild vikt vid dokumenterade kvalifikationer avseende:
- specifika kunskaper och färdigheter inom ämnesområdet och närliggande forskningsområden
- erfarenhet av vetenskaplig teori och relevanta forskningsmetoder
- vetenskaplig analys och presentation styrkt genom uppsats, examensarbete, vetenskapliga publikationer eller liknande.       

Dokumenterad erfarenhet av att hantera och analysera stora datamängder och dataintegration är meriterande. Erfarenhet av R/Python-programmering och användning av bioinformatiska pipelines i en Linuxmiljö är önskvärt. Erfarenhet av analys av antingen en eller flera av följande: transcriptomics, proteomics, integrerande analys av multi-omics är meriterande, liksom erfarenhet av biostatistik eller maskininlärningsmetoder.

Anställning   

Efter du har blivit antagen till utbildning på forskarnivå kommer du att erhålla en doktorandanställning vid Göteborgs universitet. Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1993:100. Den första anställningen som doktorand får gälla högst ett år och får förnyas med högst två år i taget. En doktorand får som längst vara anställd som doktorand under åtta år men den sammanlagda anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år.   

Placering: Sahlgrenska akademin, Institutionen för biomedicin, Avdelningen för laboratoriemedicin. Omfattning 100%. Tillträde enligt överenskommelse.

Universitetet tillämpar lokalt avtal om lönesättning av doktorander.    

Kontaktuppgifter för anställningen   

Har du frågor om projektet är du välkommen att kontakta huvudhandledaren,
Christina Jern, professor, Institutionen för biomedicin, 
telefon: 0709-831616, e-post: christina.jern@neuro.gu.se 

eller

biträdande handledare Tara Stanne, docent, Institutionen för biomedicin, 
telefon: 0707-927047 e-post: tara.stanne@gu.se

Fackliga organisationer   

Fackliga företrädare vid Göteborgs universitet hittar du här:   
https://www.gu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss/hjalp-for-sokande     

Ansökan   

Du ansöker om att bli antagen till forskarstudier via Göteborgs universitets rekryteringsportal. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Komplett ansökan innehåller i pdf format:

• Personligt brev
• CV
• Bevis om examen på avancerad nivå eller fullgjorda kurser, se behörighetskrav ovan
• Bevis om slutförd kurs i Engelska 6 eller motsvarande (gymnasiebetyg eller motsvarande)

För sökande med utländsk examen

Om examen är från lärosäte utanför Sverige eller inte har kontrollerats av en svensk myndighet tidigare är det viktigt att du bifogar diplom och ämnesförteckningar som underlättar bedömning.

Ange i din ansökan en kontakt (telefonnummer eller e-post) till utfärdande lärosäte som kan verifiera examen.

För information om hur det särskilda behörighetskravet i engelska kan uppfyllas, se https://www.universityadmissions.se/en/entry-requirements/english-language-requirements/

  

Ansökan ska vara inkommen senast: 2024-06-09

Universitetet arbetar aktivt för en arbetsmiljö med jämställda förhållanden och sätter värde på de kvalitéer mångfald tillför verksamheten.

Universitetet tillämpar individuell lönesättning.

Enligt Riksarkivets föreskrifter är universitetet skyldigt att förvara ansökningshandlingar i två år efter tillsättningsbeslutet. Om du som sökande till en anställning särskilt begär tillbaka dina handlingar återsänds de när de två åren har förflutit, i annat fall kommer de att gallras ut.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Göteborgs universitet anlitar upphandlad annonsbyrå i samband med rekrytering av personal. Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av jobbannonser.